วัดกลางคลองสี่ สร้างขึ้นในปี พ.ศ. 2453 โดยความร่วมแรงร่วมใจจากชาวบ้านคลองสี่ ซึ่งเดิมเป็นชาวมอญที่อพยพมาจากตำบลบางตลาด อำเภอปากเกร็ด เมืองนนทบุรี ย้ายตั้งถิ่นฐานที่แห่งนี้ในยุคช่วงการพัฒนาทุ่งรังสิตสมัยรัชกาลที่ 5 แต่แรกการสร้างวัดมีปัญหาเพราะมีกลุ่มคัดค้านไม่ให้สร้างแต่สุดท้ายก็สร้างสำเร็จ แรกชื่อวัดว่า "วัดหนองแอ่ง" เพราะภูมิประเทศบริเวณนี้ เป็นที่ลุ่มมีหนองมีแอ่งธรรมชาติมาก จึงตามชื่อตามลักษณะภูมิสถาน